Alburnoides prespensis se distingue des autres spirulines par une bouche terminale avec la fente de la bouche seulement légèrement inclinée, une nageoire anale avec entre 10 et 11+1⁄2 rayons ramifiés. La ligne latérale comporte 40 à 43 écailles, le pédoncule caudal est entre 1,8 et 2,2 fois plus long que profond, le museau est plus long que le diamètre de l'œil et la distance entre les yeux est de 1,2 à 1,4 fois le diamètre