Le Stiphodon percnopterygionus est de petite taille. Il présente 14 rayons pectoraux et 10 rayons articulés de la nageoire dorsale.
Le dimorphisme sur cette espèce est fortement marqué. Les mâles se distinguent par l'existence de deux phases (cette particularité n'a été observée sur aucune autre espèce de Stiphodon). Les jeunes mâles sont de couleur dominante bleue, en vieillissant, ils deviennent de couleur orange. Cette variation parait dépendre de la taille de l'individu et non de sa distribution géographique. Les femelles, bien moins colorées, sont de couleur crème. Elles présentent une bande mediolatérale rectiligne noirâtre et peuvent présenter des barres de la même couleur moins distinctes.
Le Stiphodon percnopterygionus est un poisson vivant en petits groupes. Bien que ce poisson soit non territorial à proprement parlé, il se montre parfois combattif envers les poissons qui disputeraient sa zone de vie.
Le Stiphodon percnopterygionus est un poisson migrateur de nature diadrome, vivant alternativement en eau de mer et en eau douce. La migration, dans le cas de cette espèce, est amphidrome. Elle est effectuée dans les 2 sens: de l'eau douce vers l'eau de mer et inversement. Sa vie adulte se déroule en eau douce où a lieu la reproduction. Les oeufs sont généralement pondus sur le fond de la rivière (substrat), dissimulés sous les roches mais aussi dans la végétation. Après éclosion, les larves descendent la rivière jusqu'à la mer où elles se développent sous une phase planctonique durant 2.5 à 5 mois. Le temps de développement varie selon les espèces. Cette phase marine est considérée comme un élément clé de la dispersion des populations pour cette espèce. Les larves doivent à ce stade localiser une so
Le Stiphodon percnopterygionus est un petit poisson tropical que l'on rencontre de Taïwan en Asie aux îles de Micronésie. Il a été décrit en 1998. Son nom a pour origine la combinaison des mots grecs "perknos" signifiant coloré de couleurs sombres et "pterygion" l'abréviation de nageoire. Ce nom se réfère à la première nageoire dorsale des mâles qui est de couleur noirâtre.