Le Cyprichromis microlepidotus est très proche du Cyprichromis leptosoma.
Le mâle adulte est plus grand que la femelle.
Cyprichromis microlepidotus est un poisson vivant en banc qui réside naturellement à mi-profondeur. Les membres de chaque groupe s'organisent autour d'une hiérarchie bien établie. C'est une espèce carnivore au tempérament plutôt vif. Bien que Cyprichromis microlepidotus soit non territorial, il peut montrer des signes d'agressivité envers d'autres espèces . L'espèce s'organise autour d'une hiérarchie avec des relations dominants-dominés. En recherche constante de domination, les mâles dominants de cette espèce ne se supportent pas. La bataille entre deux individus peut être intense et violente. Elle entraînera la soumission et parfois même la mort d'un des protagonistes.
Cyprichromis microlepidotus est un poisson ovipare incubateur buccal. Chez cette espèce, les mâles dominants sont polygames et se reproduisent chaque saison avec plusieurs femelles.
Cyprichromis microlepidotus est un poisson vivant en eau douce originaire d'Afrique.