L'Apistogramma baenschi est marqué de trois à sept barres verticales sombres dans la partie postérieure du corps. A la base de sa nageoire caudale, de forme arrondie, on peut noter une empreinte noire circulaire présente chez les deux sexes.
Apistogramma baenschi est un poisson vivant en couple ou en groupe qui réside naturellement à proximité du fond. C'est une espèce omnivore à tendance carnivore au tempérament plutôt calme. Cette espèce est territoriale et apprécie peu la présence d'intrus à proximité, en particulier les animaux au comportement similaire. Elle peut également se montrer virulente à l'encontre de congénères. Cependant, Apistogramma baenschi ne se préoccupe guère des animaux non territoriaux.
Apistogramma baenschi est un poisson ovipare qui pond sur substrat caché.
Apistogramma baenschi est un poisson vivant en eau douce originaire d'Amérique du Sud.