Ce cichlidé atteint généralement 8 à 10 cm de longueur standard, avec des spécimens en captivité pouvant atteindre 12 cm. Le corps est trapu, de section comprimée, orné de barres verticales sombres caractéristiques. Il se distingue de ses congénères proches (A. siquia, A. kanna) par un corps moins profond, une coloration péritonéale uniformément sombre et certains détails de l’appareil branchial et dentaire.
Le dimorphisme sexuel est peu marqué mais les mâles atteignent en général une taille légèrement supérieure à celle des femelles et présentent parfois des nageoires plus allongées.
Espèce territoriale et parfois agressive, le cichlidé zèbre défend activement son espace et ses partenaires. Il se nourrit d’un régime omnivore comprenant vers, crustacés, insectes, petits poissons et matières végétales. Très adaptable, il occupe aussi bien les ruisseaux rocheux que les zones calmes, profitant des anfractuosités, racines et débris pour se protéger.
Ovipare, cette espèce pond sur des surfaces soigneusement nettoyées : pierres, racines ou branches. Les pontes comptent généralement entre 100 et 150 œufs. Les deux parents participent activement à la défense et au soin de la progéniture : incubation, aération des œufs, transfert des larves dans des fosses creusées, et surveillance continue des jeunes. Les cavités sombres sont privilégiées pour dissimuler la ponte aux prédateurs, et les nids avec entrée unique sont favorisés pour faciliter la défense. La reproduction peut avoir lieu plusieurs fois par an, selon les conditions du milieu.
Dans son habitat naturel, l'espèce a un régime alimentaire omnivore composé de plantes, d'algues et de diverses proies incluant les petits poissons, les crustacés, les insectes et les vers.
Amatitlania nigrofasciata, plus connu sous le nom de cichlidé zèbre ou nigro, est un petit cichlidé d’Amérique centrale apprécié en aquariophilie. Reconnaissable à son corps compact et zébré, il est célèbre pour son comportement territorial marqué et ses soins parentaux très développés. Il est régulièrement utilisé comme espèce modèle dans les études comportementales.