Apletodon incognitus mesure entre 2 et 2.7 cm. Vu sa petite taille, il est couramment qualifié d'animal « nain ». Ce poisson est bicolore avec un corps majoritairement marron ou violet foncé. L'espèce présente aussi parfois des marbrures de couleur marron. Les mâles possèdent deux points bleu derrière chaque œil. La tête est large et mesure plus d'un tiers du corps, le museau est plat et en forme de bec de canard. Le corps est aplati dorso-ventralement. La nageoire dorsale est unique et très en arrière du corps, au même niveau que la nageoire anale.
Le mâle possède deux points bleus derrière chaque œil.
Apletodon incognitus est un poisson solitaire qui réside naturellement sur le fond. C'est une espèce carnivore et microphage au tempérament plutôt calme. Mesurant à peine quelques centimètres, cette petite espèce a tendance à se montrer discrète et se cacher en présence de voisins plus imposants.
Apletodon incognitus est un poisson ovipare qui pond dans des coquilles de mollusques à faible profondeur.
Apletodon incognitus est un petit poisson vivant en eau de mer tempérée présent dans la mer Méditerranée jusqu'aux Açores.