Ctenochromis scatebra se distingue par une transition nette entre les petites écailles antérieures et les grandes écailles postérieures entre les nageoires pectorales et pelviennes, ainsi que par des zones sans écailles sur les flancs. Les mâles adultes possèdent au moins un ocelle non pigmenté sur la nageoire anale. La mâchoire est rétrognathe et les dents frontales sont unicuspidées, larges et inclinées, tandis que les dents latérales sont bicuspidées et pointues.