Cette espèce possède trois rayures horizontales bien visibles. Aucune tache n'est présente sur le corps contrairement à quelques congénères. Initialement, il a parfois été appelé Cyprinodon amazona, et a pu être confondu avec le Nannostomus trifasciatus. Il existe au moins trois colorations en fonction de l'origine géographique et le meilleur moyen de différentier N. marginatus de N. trifasciatus est de compte le nombre de rayons.
La nageoire anale des mâles est courte, et n'atteint pas la caudale.
Ces poissons grégaires vivent dans des eaux peu profondes, à mi-profondeur ou proche de la surface. Ils apprécient la présence de végétation pour se camoufler et chasser des micro-organismes.
Ce poisson ovipare pond en eau libre, dans de la végétation.
Le Nannostomus marginatus, plus communément appelé poisson crayon nain, est un petit poisson tropical d'eau douce originaire d'Amérique du Sud. Il est très présent dans les cours d'eau de Guyane française.