Synodus variegatus possède un corps allongé d'environ 30 cm, bien que certains spécimens puissent atteindre 40 cm. Tête effilée et aplatie comme celle d'un lézard. La bouche est inclinée vers le haut et les yeux sont disposés sur la face supérieure de la tête, caractéristique des espèces qui s'enfouissent partiellement. L'espèce possède des mâchoires garnies de dents, espacées sur la mâchoire supérieure et très acérées, au contraire de celles sur la mâchoire inférieure qui sont plus rapprochées.