Bathysauropsis malayanus possède un corps fin et allongé, dont la longueur se situe aux alentours de 24,4 cm. Son corps est principalement brun clair, bien qu'il soit plus foncé proche de la tête. Ses nageoires sont également brunes, à l'exception de la nageoire adipeuse qui est transparente. Bathysauropsis malayanus possède des yeux gris sombre sur le côté, qui occupent une grande partie de sa tête. L'espèce possède une mâchoire proéminente garnie d'une rangée de dents très fines, puis deux rangées irrégulières de dents beaucoup plus développées présentes également sur la prémaxillaire.