Il vit généralement pendant une année, très rarement deux. Hippocampus zosterae est souvent blanc mais peut également être beige, brun, jaune, noir ou encore vert, ce poisson ayant la capacité de changer de couleur. Il peut également présenter des taches de couleurs blanches ou sombres. Sa teinte se confond généralement avec la gorgone sur laquelle il s'accrocheIl a été observé qu’il change de couleur pour diverses raisons : pour se camoufler, dans des situations de compétition ou d’agression, pendant des périodes de maladie, durant la parade nuptiale et l’accouplement. Hippocampus zosterae a souvent des petites excroissances cutanées appelées cirres qui ressemblent à des algues. On peut le distinguer des autres espèces d’hippocampes de l’Atlantique tels que Hippocampus reidi et Hippocampu
L'hippocampe nain est un prédateur à l'affût qui se nourrit de proies vivantes, notamment de petits crustacés comme les amphipodes, de petites crevettes, d'autres petits invertébrés et d'alevins.