Gymnothorax punctatus est une murène de taille moyenne, généralement longue de 40 à 70 centimètres, bien que certains individus puissent atteindre ou dépasser les 80 centimètres. Son corps est allongé, serpentiforme et robuste, typique des murènes, avec une musculature puissante. La peau, dépourvue d’écailles, est épaisse et recouverte d’un mucus protecteur. La coloration de cette espèce est caractéristique : un fond gris à verdâtre ponctué de nombreuses petites taches sombres réparties uniformément sur le corps. La tête est allongée, avec une mâchoire proéminente et de nombreuses dents acérées adaptées à la capture de proies glissantes. Les narines tubulaires à l'avant du museau sont bien développées, témoignant de l’importance de l’olfaction chez cette espèce.
Le dimorphisme sexuel chez Gymnothorax punctatus est peu ou pas marqué extérieurement. Les mâles et les femelles présentent une morphologie très similaire, ce qui rend leur différenciation difficile sans examen interne ou observation de leur comportement reproductif. Aucune différence notable de taille, de coloration ou de forme n’est observée à l’œil nu. Dans certaines espèces de murènes, des différences subtiles au niveau des organes reproducteurs peuvent être détectées, mais cela reste peu documenté chez G. punctatus.
Gymnothorax punctatus est une espèce principalement nocturne et solitaire. Elle passe la journée dissimulée dans des crevasses rocheuses, des trous de récifs ou sous des blocs de corail, ne laissant souvent dépasser que la tête. Elle devient active au crépuscule et durant la nuit, moment où elle quitte son abri pour chasser. C’est un prédateur opportuniste, se nourrissant de poissons, de crustacés, de céphalopodes et parfois de charognes. Sa stratégie de chasse repose sur l’embuscade, profitant de sa capacité à se faufiler dans les recoins pour s
Gymnothorax punctatus est un poisson vivant en eau de mer.