Ancistrus karajas se distingue de presque toutes les autres espèces d'Ancistrus en n'ayant pas ou simplement une nageoire adipeuse vestigiale avec une seule plaque préadiposée, ainsi qu'une combinaison de caractères morphométriques. Il a été décrit en même temps que l'A. krenakarore similaire, les deux espèces différant en couleur et en motif. Les espèces d'Ancistrus développent des tentacules souples et touffus sur le museau lorsqu'elles sont sexuellement mates