Andeancistrus eschwartzae a huit rayons mous dans sa nageoire dorsale et trois ou quatre dans sa nageoire anale. Cette espèce peut être distinguée de son seul congénère, A. platycephalus, en ayant une couleur de fond noire à gris foncé sur la tête et le corps, par opposition au gris pâle. Il a également une forme irrégulière ronde à allongée jaune-or marquant moins de la moitié du diamètre de la narine qui sont uniformément répartis sur la tête, les côtés et le dos et sur les rayons des nageoires tandis que A. platycephalus possède des taches régulières blanches ou bleues. A. eschwartzae manque également de grappes d'odontodes formant des quilles sur la plupart des plaques de la ligne latérale.