Ancistrus aguaboensis a sa nageoire dorsale plutôt courte soutenue par une seule colonne vertébrale et 7 rayons mous tandis que sa nageoire anale a également une seule colonne vertébrale mais seulement 4 rayons mous. Il s'agit d'une petite espèce au corps très aplati et large et à la bouche large. Une petite zone de la plaque au-dessus de l'œil est fréquemment déprimée, et n'est que légèrement granuleuse ou n'a pas d'odontodes du tout. La partie exposée de la plaque nucale