Ancistrus macrophthalmus peut être distingué des autres espèces d'Ancistruss du bouclier guyanais, en ayant un corps très aplati et des yeux placés haut sur la tête. Les tentacules sur la partie centrale du museau sont disposés en forme de fer à cheval, chaque moitié du fer à cheval allant de la pointe du museau au bord inférieur de l'œil. La plaque médiane sous l'arrière de la membrane de la nageoire adipeuse est m