Le corps est de forme ronde, comprimé latéralement. L'œil est grand et de couleur rouge et noir, la bouche est légèrement bleutée. Une large bande noire verticale segmente le corps en deux. L'avant est verdâtre à jaune, l'arrière beige clair à blanc ponctué de taches rouges à rosâtres. Les teins est plus foncés sur le bord extérieur des écailles. Les nageoires sont larges, hautes et reste ouvertes en permanence. Les pelviennes et la première dorsale sont jaunes, bordées de rouge. Les pectorales, anale, caudale ainsi que la deuxième dorsale sont translucides. La seconde nageoire dorsale se termine par un prolongement du deuxième rayon. Cette particularité a inspiré le nom scientifique, nematoptera, assemblage des mots grecs « nemato » et « ptera », signifiant « fil » et « aile ».
Il n'existe pas de dimorphisme sexuel apparent chez cette espèce. Il est cependant possible de reconnaître les mâles quand ils incubent les œufs.
L'apogon pyjama est un poisson vivant en banc à mi-profondeur et à proximité du fond. C'est une espèce discrète qui réside cachée entre les branches de coraux la journée et qui sort la nuit pour se nourrir.
Ce poisson ovipare gonochorique atteint la maturité sexuelle autour de 5-7 cm. Après fécondation les œufs sont libérés par la femelle puis récupérés par le mâle dans sa bouche. L'incubation buccale durera environ une dizaine de jours, jusqu'à l'éclosion des œufs. Durant cette période le mâle jeûne afin de toujours garder les œufs dans la bouche tout en les oxygénant. Les larves sont ensuite pélagiques.
Sphaeramia nematoptera, plus communément appelé apogon pyjama, est un poisson de récifs originaires des mers indonésiennes et de l'océan Pacifique ouest. En journée, il réside caché dans les branches de coraux du genre Porites. C'est une espèce relativement commune dans le monde aquariophile. Il est parfois confondu avec un proche congénère : Sphaeramia orbicularis.