A l'âge adulte, le Chaetodon blackburnii est bicolore avec un patron majoritairement jaune et noir. les juvéniles étant beiges et noires. Cette espèce possède une bande noire caractéristique qui traverse le corps au niveau de l'œil.
Dimorphisme non renseigné.
Le Chaetodon blackburnii se rencontre généralement par couple. Comme les autres Chaetodon, cette espèce pratique une nage plutôt énergétique. De manière générale, c'est un poisson indépendant qui ne se préoccupe guère des autres espèces. Il peut cependant montrer quelques signes d'agressivité envers ses congénères.
Le Chaetodon blackburnii est un poisson ovipare qui pond en eau libre.
Se nourrit d'invertébrés benthiques tels que les bivalves, les polypes de coraux mous, les crustacés et les vers, ainsi que du zooplancton.
Le Chaetodon blackburnii est un poisson tropical originaire de la côte est de l'Afrique (océan Indien). Il est répertorié sur les côtes du Kénya, de la Réunion, de Madagascar et de Maurice.